|
|
Metody pro obrazovou analýzu populace fotosyntetických buněčných kultur
Vlachynská, Alžběta ; Búzová,, Diana (oponent) ; Červený,, Jan (vedoucí práce)
Tato práce byla řešena ve spolupráci s Oddělením adaptivních biotechnologií, Centra globální změny AV ČR. Zabývá se kvantitativní analýzou fotosyntetických buněčných kultur. Využívá obrazů nasnímaných pomocí konfokálního fluorescenčního mikroskopu pro automatické stanovení počtu buněk ve vzorku. Práce sestává z teoretického rozboru, kde stručně popisuje fluorescenční a konfokální mikroskopii. Krátce představuje i mikroskop Leica TCS SP8 X, pomocí kterého byly snímány data. Jedna kapitola je věnována teorii číslicového zpracování obrazů. Druhá část popisuje návrh algoritmu pro zpracování 3D dat a zjednodušený algoritmus pro zpracování 2D dat a jeho programovou realizaci v programovacím prostředí MATLAB R2013b. Podrobně je posáno vytvořené uživatelské prostředí programu. Na závěr jsou prezentována provedená měření. Je popsán sestavený protokol přípravy vzorků. Výsledky programu jsou porovnány s ručním počítáním. Pomocí programu byl stanoven počet buněk na 1ml ve vzorcích buněčných kultur Chenopodium rubrum (Cr) a Solanum lycopersicum (To).
|
|
|
Ochrana rajčat ve skleníkových a polních podmínkách
Mokrá, Kristýna
Cílem mé bakalářské práce bylo vyhodnotit napadení několika odrůd rajčete jedlého patogeny na jedné lokalitě, ve skleníkových a polních podmínkách. Zjištěné výsledky dále porovnat s výsledky napadení na nejbližším pozorovacím bodě ÚKZÚZ. Pozornost byla věnována pěstovaným odrůdám Zlatava, Blueberry, Start F1 a determinovaným patogenům Alternaria spp., Fulvia fulva a Phytophthora infestans. Průzkum byl prováděn v roce 2020 na soukromé zahradě. Rajčata byla po dobu vegetace sledována dle BBCH fází a části infikované patogeny byly hodnoceny dle Metodiky zkoušek užitné hodnoty ÚKZÚZ. Napadené části byly v laboratorním prostředí kultivovány na PDA a následovala determinace patogenů pomocí laboratorního mikroskopu. Výsledky napadení jednotlivých patogenů na zvolené odrůdě v konkrétním prostředí byly vyhodnoceny a vyjádřeny v grafickém zobrazení.
|
|
|
Metody pro obrazovou analýzu populace fotosyntetických buněčných kultur
Vlachynská, Alžběta ; Búzová,, Diana (oponent) ; Červený,, Jan (vedoucí práce)
Tato práce byla řešena ve spolupráci s Oddělením adaptivních biotechnologií, Centra globální změny AV ČR. Zabývá se kvantitativní analýzou fotosyntetických buněčných kultur. Využívá obrazů nasnímaných pomocí konfokálního fluorescenčního mikroskopu pro automatické stanovení počtu buněk ve vzorku. Práce sestává z teoretického rozboru, kde stručně popisuje fluorescenční a konfokální mikroskopii. Krátce představuje i mikroskop Leica TCS SP8 X, pomocí kterého byly snímány data. Jedna kapitola je věnována teorii číslicového zpracování obrazů. Druhá část popisuje návrh algoritmu pro zpracování 3D dat a zjednodušený algoritmus pro zpracování 2D dat a jeho programovou realizaci v programovacím prostředí MATLAB R2013b. Podrobně je posáno vytvořené uživatelské prostředí programu. Na závěr jsou prezentována provedená měření. Je popsán sestavený protokol přípravy vzorků. Výsledky programu jsou porovnány s ručním počítáním. Pomocí programu byl stanoven počet buněk na 1ml ve vzorcích buněčných kultur Chenopodium rubrum (Cr) a Solanum lycopersicum (To).
|
|
|
Expression of SANT/HTH Myb mRNA, a plant morphogenesis-regulating transcription factor, changes due to viroid infection
LOMNICKÁ, Anna
Potato spindle tuber viroid (PSTVd) belongs to plant-pathogenic, circular, non-coding RNAs. Its propagation is accompanied by (mis)regulation of host genes and induction of pathogenesis symptoms including changes of leaf morphogenesis depending on the strength of viroid variant. We found strong genotype-dependent suppression of tomato morphogenesis-regulating transcription factor SANT/HTHMyb (SlMyb) due to viroid pathogenesis. Its relative mRNA level was found to be significantly decreased in PSTVd-sensitive tomato (cvs Rutgers and Heinz 1706) due to degradation processes, but increased in PSTVd-tolerant (cv. Harzfeuer). In heterologous system of Nicotiana benthamiana, we observed a SlMyb-associated necrotic effect in agroinfiltrated leaf sectors during ectopic overexpression. Leaf sector necroses were accompanied by activation of nucleolytic enzymes but were suppressed by a strongly pathogenic PSTVd variant. Contrary to that, PSTVd's effect was inhibited by the silencing suppressor p19. It was found that in both, Solanum lycopersicum leaves and N. benthamiana leaf sectors, SlMyb mRNA degradation was significantly stronger in viroid-infected tissues. Necroses induction as well as gene silencing experiments using the SANT/HTH-Myb homologues revealed involvement of this Myb in physiological changes like distortions in flower morphogenesis and growth suppression.
|
|
| |
|
|
Srovnání biolistické a agrobakteriem zprostředkované transgenoze rajčete (Solanum lycopersicum L.)
DĚDOUCHOVÁ, Martina
Genové manipulace lze v současné době provádět s využitím přímých či nepřímých metod. Nepřímé metody využívají strategie gram-negativní půdní bakterie Agrobacterium tumefaciens, která vnáší část vlastních genů nesených úsekem plazmidu Ti nazývaným T-DNA do genomu infikovaných rostlin. Obtížné je docílit pomocí této metody transformace jednoděložných rostlin. U jednoděložných rostlin se nabízí možnost využití přímých metod transformace. Jednou z nejúčinnějších metod přímé transformace je pak transformace biolistická. Tato diplomová práce se zabývala srovnáním účinnosti biolistické a A. tumefaciens zprostředkované transgenoze u rajčete (Solanum lycopersicum L.).
|
host ::
RSS.